La objeción de conciencia en el ámbito sanitario está ampliamente debatida tanto en el aspecto jurídico como en el aspecto ético, y presenta respuestas muy diversas. Se trata de un conflicto de dos deberes: el de respetar las decisiones de otros, las normas y los reglamentos, y el de fidelidad del profesional a sus creencias y valores.
El Comité de Bioética de España entiende por objeción de conciencia «la negativa de una persona a realizar ciertos actos o tomar parte en determinadas actividades, jurídicamente exigibles para el sujeto, para evitar una lesión grave de la propia conciencia».
En lo profundo de la conciencia el hombre descubre una ley que él no se da a sí mismo, pero que debe obedecer y cuya voz lo llama siempre a amar y hacer el bien y a huir del mal (cf. Veritatis Splendor, San Juan Pablo II)). La conciencia es como el puente entre la ley inmutable y las circunstancias cambiantes de cada sujeto y de sus actos concretos. La conciencia no crea la ley moral, pero es la fuente de las decisiones que la aplican, por esto debe buscar adecuarse siempre mejor a la norma moral. En una nota doctrinal sobre la objeción de conciencia la Conferencia Episcopal Española afirma que a veces pasa inadvertido que «en el proceso que condujo a la formulación y a la proclamación de los derechos del hombre, estos se concebían como expresión de unos límites éticos que el Estado no puede traspasar en su relación con las personas. Eran una defensa frente a las tentaciones totalitarias y a la tendencia que los poderes públicos tienen a invadir la vida de las personas en todos los ámbitos, o de disponer de ella en función de los propios intereses» (doc. CEE, 25 de marzo de 2022).
En el ámbito sanitario, son varios los aspectos en los que se crean conflictos de conciencia, pero, sobre todo, los que atañen al principio y fin de la vida y son estos campos los que son susceptibles de objeción, no regulada por ninguna ley-marco. Los profesionales sanitarios deben considerar su derecho a la libertad religiosa y de conciencia como un derecho fundamental y deben recordar los principios morales para decidir su actuación ante estas leyes y otras semejantes, declarando, si así lo creen necesario, su objeción públicamente según establezca cada situación.